En los primeros meses de 1944 la lucha por el liderazgo de la campaña del Pacífico entre el general MacArthur y el almirante King pareció resolverse a favor de este último. La estrategia defendida por la Marina de un avance a través del Pacífico central se impuso a la de MacArthur, empeñado en cumplir su promesa de regresar a las Filipinas. Tras ocupar las Marshall, las fuerzas de King y Nimitz tenían como siguiente objetivo el archipiélago de las Marianas, mientras que las de MacArthur, después de completar brillantemente la campaña de Nueva Guinea, iban a quedar relegadas a un segundo plano durante los meses siguientes (y quizá durante el resto de la guerra).
Los estadounidenses necesitaban bases aéreas que permitiesen operar a bombarderos pesados para apoyar los desembarcos previstos en las Marianas y Palau. El reconocimiento aéreo encontró la solución en Biak, una isla de unos 60 Km de largo y 30 de ancho situada frente a la costa noroeste de Nueva Guinea. No habría sido un objetivo estratégico de importancia si no fuese por los tres campos de aviación que habían construido allí los japoneses, en especial el de Mokmer, que podría servir de base a los bombarderos estadounidenses de gran radio de acción. Biak se encontraba en plena línea de avance de las fuerzas de MacArthur. La orden de ocupar la isla se dio el 10 de mayo, casi sin tiempo para planificar las operaciones, con la intención de que se completasen antes del inicio de los desembarcos en las Marianas. Tan solo una semana después, el 17 de mayo, se realizó un desembarco preliminar en la cercana isla de Wakde para ocupar sus aeródromos y dar cobertura aérea desde ellos al desembarco en Biak, previsto para diez días después.
MacArthur encomendó la captura de la isla al general Kreuger, comandante del 6º Ejército. Kreuger destinó a la operación a la 41ª División de Infantería, a pesar de que uno de sus tres regimientos, el 163º RCT (Regimental Combat Team) se encontraba todavía en las últimas etapas de las operaciones de combate en la isla de Wakde. Por tanto Biak se iba a tomar por asalto anfibio con solo dos regimientos, los RCTs 162º y 186º. Los estadounidenses disponían de informes de inteligencia en los que se afirmaba que los japoneses tenían en la isla más de 10.000 hombres armados y al menos una compañía de tanques ligeros. MacArthur rechazó esos datos y optó por creer que no habría más de 3.000 defensores. Lo cierto es que las estimaciones de inteligencia eran correctas. La guarnición japonesa de Biak constaba de cerca de 10.000 soldados, aunque apenas 4.000 de ellos eran combatientes entrenados. El núcleo de las fuerzas de combate japonesas era el experimentado 222º Regimiento de Infantería del coronel Naoyuki Kuzume, una unidad veterana de la guerra en China, formada por soldados expertos y dispuestos a luchar hasta el último hombre para defender la isla. El regimiento contaba con una compañía de tanques medios Tipo 95. El resto de la guarnición estaba formado por auxiliares coreanos, ingenieros, artillería, y cerca de 1.500 hombres de la Marina. Los japoneses habían preparado una compleja red defensiva apoyada en la gran cantidad de cuevas naturales que había en la isla. El sistema de cuevas más grande, situado al norte de Mokmer, podía albergar a más de mil defensores.
El 27 de mayo los estadounidenses desembarcaron en la isla. El primer problema lo tuvieron con una corriente oceánica no prevista, que desvió a la flota de asalto una milla y media al oeste de las zonas de desembarco fijadas. Por suerte para ellos no había japoneses defendiendo las playas. Los dos regimientos desembarcaron sin oposición, pero todas las unidades quedaron entremezcladas y lejos de sus posiciones asignadas. Los estadounidenses perdieron el resto del día en distribuirse correctamente, lo que retrasó su avance tierra adentro. Cuando comenzaron a enviarse las primeras patrullas de exploración hacia el interior de la isla el enemigo seguía sin aparecer. El general Fuller, comandante de la 41ª División, llegó a tener la falsa esperanza de que los japoneses hubiesen evacuado la isla. Pero cuando las tropas estadounidenses llegaron a las colinas del interior cayó sobre ellos un intenso fuego de artillería que detuvo su avance. Los japoneses, desde sus posiciones en las alturas, bombardeaban con precisión a las tropas norteamericanas situadas en las praderas colinas abajo. La hierba alta y el eficaz camuflaje japonés hacían inútil el fuego de contrabatería estadounidense y la ayuda de la aviación de apoyo.
El bombardeo artillero fue solo el preludio de un fuerte ataque enemigo. El 222º Regimiento de Kuzume atacó por un flanco y logró rodear a todo el 3er batallón del 162º RCT. Con el apoyo de los tanques Tipo 95, los japoneses lanzaron tres furiosos ataques a bayoneta calada contra las fuerzas rodeadas. Los estadounidenses (también tropas expertas, veteranas de la campaña de Nueva Guinea) lograron resistir los ataques hasta el día siguiente, cuando acudió en su ayuda un pelotón de doce tanques Sherman M-4. En el primer enfrentamiento entre blindados de la campaña del Pacífico los Shermans destruyeron a los Tipo 95 japoneses. El batallón estadounidense logró retirarse con el apoyo de los Shermans, al tiempo que los japoneses regresaban también a sus posiciones en las colinas. Al final del combate el 3er batallón había perdido a más de 100 hombres.
Cuando los estadounidenses continuaron su avance hacia el interior de la isla se encontraron con dos graves problemas. El primero, que era evidente que el número de fuerzas enemigas era mucho mayor de lo que se había calculado. El segundo, que la poca agua dulce que había en la isla se encontraba en zonas controladas por el enemigo. El agua potable tenía que ser desembarcada y transportada a mano hasta primera línea por un terreno casi imposible. Una pesadilla logística que multiplicaba sus dificultades para vencer la resistencia fanática de los japoneses, que les esperaban muy bien atrincherados en las zonas más difíciles de la isla, en los lugares en los que la selva tenía mayor espesor y en las colinas más escarpadas. El general Fuller solicitó el envío de refuerzos a su superior, el general Krueger, alegando que la resistencia a la que se estaban enfrentando era muy superior de la esperada y que el problema del agua restaba eficacia a sus unidades. Krueger, que estaba siendo presionado por MacArthur para ocupar cuanto antes la isla, decidió completar la división enviando al 163º Regimiento a Biak tan pronto como terminaron los combates en Wakde. La llegada del agotado 163º Regimiento no supuso mucha ayuda para los estadounidenses. Las unidades más desgastadas se utilizaron inicialmente como fuerza de reserva y para defender las playas donde se desembarcaban los suministros.
Infantes estadounidenses en Biak, en mayo de 1944:
MacArthur quiso saber cuál era la causa de la demora en la conquista de Biak y envió un equipo de inspección a la isla para evaluar la situación. Sus conclusiones fueron que la división se encontraba sobreextendida, haciendo frente a una fuerza mucho mayor de lo previsto, atrincherada en un terreno muy difícil, y sufriendo una terrible escasez de agua bajo un sol abrasador. Eso no era lo que MacArthur quería oir, así que... envió otro equipo de inspección. El segundo informe le gustaba más: la 41ª División se había desplegado de forma incompetente, dejando huecos peligrosos que podían ser aprovechados por el enemigo, y las tropas no se comportaban con la agresividad que era de esperar, desmotivados por la actitud de los oficiales de más alto rango que ni siquiera se dignaban a visitar el frente. Al parecer era lo que MacArthur necesitaba para justificar la destitución del general Fuller. Él ya había hecho declaraciones triunfalistas a la prensa anunciando que la batalla casi había concluido. Necesitaba culpar del retraso a una dirección negligente de las tropas, y no dar pie a que alguien pensase que en realidad el problema estaba en una mala planificación de la campaña. El 15 de junio MacArthur reemplazó a Fuller por un protegido suyo, el general Eichelberger.
Cuando Eichelberger visitó por primera vez el frente se encontró con la situación que había descrito el primer equipo de inspección. Su primera medida fue forzar una pausa en los combates, retirando varios de los batallones de primera línea para darles un descanso y reponer el suministro de agua. Además ordenó el envío a Biak del 34º RCT de la 24ª División de Infantería. La llegada de refuerzos y la reorganización de la 41ª División tuvieron como consecuencia que cuando los estadounidenses reanudaron la ofensiva lo hiciesen con más energía y mejores resultados. Los ataques se prepararon metódicamente, consiguiendo que las bajas estadounidenses se redujesen mucho. Trataban de no atacar frontalmente a las defensas japonesas, buscando la forma de infiltrarse entre las líneas enemigas y en la medida de lo posible lanzar ataques de flanco. Recurrieron también a desembarcos de pequeñas fuerzas anfibias más allá de las líneas japonesas para flanquear algunas posiciones.
Los japoneses trataron de hacer llegar refuerzos a Biak para mantener la resistencia. La mayoría de los convoyes que enviaron tuvieron que regresar por la presión de la aviación y la flota estadounidenses, pero al menos 2.000 hombres lograron llegar a la isla y reforzar a los defensores. Eso alargó todavía más la resistencia japonesa. Al fin los estadounidenses tomaron las tres bases aéreas, pero ninguna de ellas a tiempo de poder ser utilizada por su aviación para apoyar la campaña de la Marianas (recordemos que ese era el objetivo inicial que había llevado a la invasión de la isla). Los campos de aviación de Borokoe y Sorido cayeron el 20 de junio, y Mokmer, el objetivo principal, el 22. La resistencia organizada japonesa no cesó hasta el 28 de junio, cuando fue reducida la gran red de cuevas al oeste de la isla. Los japoneses continuaron combatiendo en pequeños grupos hasta el 20 de agosto. El total de bajas estadounidenses en la batalla fue de 9.800 hombres. De ellos 2.400 fueron bajas en combate, el resto lo fueron por tifus, deshidratación y otras causas. Por parte japonesa murieron más de 5.000 soldados, y unos 800 fueron hechos prisioneros. Unos 4.000 soldados japoneses se dieron como desaparecidos. Muchos de ellos habían quedado enterrados o abrasados en el interior de las cuevas. Otros se negaron a rendirse y se refugiaron en la selva, donde continuaron resistiendo hasta enero de 1945.
La batalla de Biak es una de las grandes olvidadas de la guerra en el Pacífico. Para la propaganda estadounidense simplemente no existió, y en consecuencia muchos historiadores la han ignorado desde entonces. En un principio, conociendo el informe que llevó a MacArthur a sustituir al general al mando de las operaciones, se podría pensar que el silencio sobre esta batalla podía deberse a la intención de ocultar la mediocre actuación de la 41ª División de Infantería. Lo cierto es que los infantes estadounidenses combatieron muy bien en unas condiciones durísimas, en un terreno muy difícil y contra un enemigo bien preparado y con superioridad numérica. En cualquier otra operación de la campaña del Pacífico las fuerzas norteamericanas siempre superaron en número al enemigo al menos por dos a uno en tropas de combate, en cambio en Biak la ventaja fue de los defensores japoneses. Con una evaluación errónea de las fuerzas enemigas, creyendo que sería una operación de corta duración y poco costosa, MacArthur destinó a la misión una fuerza insuficiente, tan solo dos regimientos de infantería (que tuvieron que ser reforzados por un tercero muy desgastado, y más tade por un cuarto regimiento). En el fondo el “olvido” pudo tratarse del intento de MacArthur de ocultar sus propios errores de planificación y fallos de ejecución, en un momento en el que estaba manteniendo un pulso con la Marina para hacerse con el liderazgo de la campaña del Pacífico. Si la prensa hubiese dado detalles del desarrollo de la batalla, MacArthur habría visto amenazados su prestigio en Washington y el apoyo de la opinión pública.